La Dirección de Prevención, Control de Contaminación y Protección del Medio Ambiente de la Autoridad Marítima de Panamá, ha implementado un Programa Anual de limpieza de basuras y sustancias contaminantes, con el propósito de cumplir con las normas, procedimientos nacionales y convenios internacionales inherentes a esta materia, ratificados por Panamá.
En el área Técnica - Operativa y Administrativa se realizará un cronograma de trabajo que contempla entre otros aspectos, los operativos de limpieza por tierra como por mar, programados por llevarse a cabo en los puertos Cristóbal, Bahía Las Minas, Manzanillo, Samba Bonita, Colón Port Terminal, Colon Container Terminal, de la provincia de Colón. En la provincia de Panamá abarcará el Puerto Panamá, Coquira, Juan Díaz, Club de Yates y Pesca, Club de Yates Miramar, Puerto Balboa, Rodman, Fuerte Amador Resort & Marina, Taboga, Taboguilla y Puerto Vacamonte.
En la provincia de Chiriquí, incluye los puertos Chiriquí Grande, Almirante y, en las provincias centrales, los puertos Mutis, Vidal, Parita, Mensabé, Guararé, El Arenal, Punta Mala, Playa Venao, Búcara y Aguadulce, así como las áreas de la Bahía de Panamá.