Japón estableció relaciones diplomáticas con Panamá el 7 de enero de 1904, dos meses después de que el istmo se convirtiera en república el 3 de noviembre de 1903.
La historia de los intercambios entre ambos países se remonta al período anterior a la separación de Panamá de Colombia. Quedan documentos que testifican que en 1860 una misión del Shogunato de Edo llegó hasta Colón por el ferrocarril de Panamá, en el camino hacia Washington D.C. para llevar el instrumento de ratificación del Tratado de Comercio y Navegación entre Japón y EU.
Un ingeniero japonés llamado Akira Aoyama estuvo desde 1904 hasta 1911, trabajando en la construcción del canal de Panamá, y llegó a ser subjefe de ingenieros en la División de Gatún.
Tras el regreso a su país, ocupó el cargo más alto para los ingenieros en el Ministerio de Interior, y es reconocido por sus méritos en las más notables obras de ingeniería hidráulica para el control de inundaciones.
Japón ha dado mucho énfasis al intercambio cultural. A través del programa de las becas del Ministerio de Educación, Cultura y Deportes, jóvenes de Panamá van a Japón para estudiar, y mediante el programa de capacitación técnica de JICA (Agencia de Cooperación Internacional de Japón), numerosos panameños reciben cursos de capacitación en Japón.
