Japón, país insular cuya economía se encuentra cimentada en el comercio internacional, situado al otro lado del Pacífico y muy lejos de Panamá, es, tras Estados Unidos, el segundo usuario del Canal; es el primer destinatario de mercancías que se dirigen de la costa Este de Norteamérica al extremo oriente asiático con un 45% del total, y el segundo expedidor, tras China, con un 23% de las que van hacia aquel destino.
Con el objeto de aumentar el volumen de inversiones y el comercio entre ambos países, JETRO (Organización para Promover el Comercio Exterior de Japón) inauguró una oficina en Panamá en octubre de 2002, dando soporte no solo a las importaciones y a la inversión japonesa en Panamá, sino también a las exportaciones y a la inversión panameña hacia Japón.
Otra relación de interés entre los dos países es el abanderamiento de buques. El 70% aproximadamente de la flota comercial japonesa navega con bandera panameña, destacándose estas embarcaciones en los puertos japoneses. Entre un 30 y un 40% de todos los buques abanderados en Panamá (de un total aproximado de 10,000 buques), pertenecen a empresas japonesas.
