La Defensoría del Pueblo ha atendido quejas de padres de familia, cuyos hijos han sido discriminados a razón de la religión que practican, asegurando que algunos docentes no aceptan prácticas religiosas distintas al cristianismo y obligan a los estudiantes a realizar ritos propios del culto católico.
Una de las quejas recibidas por el Defensor del Pueblo fue presentada por los padres de un estudiante Testigo de Jehová y a quien se obliga a hacer el juramento a la bandera, lo cual no es aceptado en esa extensión del cristianismo.