Hay alternativas viables para el uso de pesticidas que incluyen métodos de cultivo usando controles biológicos, tales como feromonas y pesticidas microbianos, ingeniería genética, métodos de disrupción de la reproducción de insectos. Estos métodos están ganando popularidad por ser más saludables y a veces también más efectivos. En Estados Unidos, la Agencia de Protección Ambiental de los Estados Unidos (EPA) está registrando mayores números de pesticidas de bajo riesgo. Las prácticas de cultivo incluyen los policultivos (cultivar una variedad de plantas, lo opuesto a monocultivo), rotación de cosechas, cultivar una cosecha donde las plagas estén ausentes o en épocas en que sean menos problemáticas, usar las llamadas cosechas trampas que atraen a las pestes hacia otras plantas para que no ataquen a la cosecha principal. Medidas mecánicas en vez de químicas, por ejemplo, el agua caliente puede tener casi tan buen efecto sobre pulgones como los pesticidas.
Otro método es la liberación de otros organismos que combaten a las pestes, como ser sus predadores y parásitos naturales. También se usan pesticidas biológicos como hongos patógenos de la peste, bacterias, viruses.
También es posible alterar el ciclo biológico del insecto por medio de esterilización de los machos que luego son liberados para que se apareen con hembras que no podrán producir crías. Estos procedimientos pueden ser costosos, llevar mucho tiempo y servir sólo para ciertas especies de pestes.
No obstante algunos problemas, hay evidencias de que los pesticidas alternativos pueden ser tan efectivos o aun más que los tradicionales.
