El 73% de los ingresos del Canal de Panamá proviene directamente de los peajes, 21% relacionados a los servicios de tránsito marítimos, 2% a la venta de agua y venta de energía eléctrica y solo un 2% provienen de ingresos misceláneos e intereses depositados.
Los ingresos netos por peaje se estiman en B/.675.3 millones, es decir un aumento de B/.36.3 millones con respecto al año fiscal 2003. Este incremento se registrará por la nueva estructura de precio s de peaje cuya segunda etapa es efectiva en julio del 2003 y de un total de B/.237.6 millones de toneladas o 2.8 millones de toneladas adicionales al año fiscal corriente.
En concepto de servicios relacionados al tránsito, estos ingresos reflejan un aumento de B/.8.2 millones con relación al presupuesto revisado del año fiscal 2003, debido principalmente a un aumento en las reservas de tránsito, en las inspecciones de buques en tránsito, en los cargos de seguridad, y en los servicios de remolcadoras y pasacables productos de un aumento en el tránsito de buques de 100 pies o más. El programa integral de modernización del Canal se compone de 85 proyectos por un total de B/.209.4 millones.