La palabra Panamá es de origen indígena, probablemente de la cueva. Muchos significados y crónicas se le atribuyen a la abundancia de peces y mariposas, aunque algunos historiadores le atribuyen el nombre al majestuoso árbol llamado localmente "Panamá", de frondosa sombra y muy común en el área, bajo el cual se reunían familias aborígenes.