Según los responsables rusos, las fuerzas especiales se vieron obligadas a intervenir cuando se oyeron explosiones e intensos disparos procedentes de la escuela y un primer grupo de rehenes huyó del edificio.
Gracias al acuerdo alcanzado por la mañana, se habían empezado a retirar los cadáveres de las personas muertas el miércoles, al inicio del secuestro, cuando el comando hizo estallar los artefactos que habían colocado en el edificio. Las explosiones causaron el hundimiento de parte del techo, que provocó la muerte por lo menos de una parte de los rehenes encerrados en el gimnasio.
Entonces, unos treinta rehenes aprovecharon para intentar escaparse y los secuestradores abrieron fuego para evitarlo. Las fuerzas de seguridad rusas respondieron y estalló un fuerte tiroteo, mientras otros rehenes seguían saliendo del edificio y los helicópteros militares sobrevolaban la escuela.
Tres miembros del comando se refugiaron en el sótano.
Posteriormente fueron eliminados por tropas rusas en la madrugada del sábado.
Toda la operación dio lugar a verdaderas escenas de caos. Niños en ropa interior, manchados de sangre, corrían por las calles llorando e incapaces de hablar. Otros se precipitaban sobre las botellas de agua que les tendían los soldados tras las terroríficas horas que pasaron, privados de agua y comida, en un gimnasio donde el calor era intenso.
