Años 60. Se desarrolla en una escuela en el Bronx neoyorquino dirigida por la hermana Aloysius, una mujer severa, a la que temen todos los chicos, e incluso sus monjas, a los que trata de encauzar por la ortodoxia más rigurosa. La hermana James sabe que ella es joven y algo inexperta, pero no puede menos que desaprobar tanto rigor, pues ella quiere estar más cerca de los alumnos. Por ello, simpatiza con el capellán del colegio, el padre Flynn, que sabe congeniar con los muchachos, y ofrece homilías diferentes, que dan que pensar. Por su parte, la hermana Aloysius desaprueba esa tendencia a contemporizar de Flynn, lo que la predispone a sospechar lo peor del sacerdote, cuando una serie de extraños indicios apuntan a que podría haber abusado de Donald.