El principal trastorno para la salud tras un tratamiento de fertilidad es el peligro de embarazo múltiple. La tasa de embarazo múltiple aumenta un 12% tras los tratamientos. Los riesgos asociados son hipertensión, acumulación de líquido amniótico, abortos, parto prematuro (con aumento de la mortalidad perinatal y niños de bajo peso).
El síndrome de hiperestimulación ovárica es otro de los riesgos asociados a los tratamientos de fertilidad. Aparece cuando los ovarios han sido sobrestimulados.
