Aquejado por problemas de salud, presentó su renuncia como Arzobispo de Panamá al Papa Juan Pablo II, y éste la aceptó en mayo de 1994. McGrath ya estaba seriamente afectado por el mal de Parkinson.
Jugó un gran papel en el período más cruento de la dictadura.
Su mensaje de despedida de la Arquidiócesis, al anunciarse la aceptación de su renuncia, terminaba así: Dejemos que el Espíritu del Resucitado actúe en nosotros para hacer todas las cosas nuevas.
McGrath falleció un 4 de agosto del 2000, a la edad de 76 años.
