l 25 de noviembre de 1949, después de un rápido recuento de los votos de las elecciones del año anterior, la Junta Nacional de Elecciones declaró que Arias había ganado dichas elecciones por 2.544 sufragios. Acto seguido, se le proclamó Presidente y esa misma tarde tomó posesión del cargo. De manera, que de la forma más descabellada, Remón logró que Chanis abandonara la Presidencia. En realidad, Remón y Arias no habían mantenido buenas relaciones, máxime cuando el ex Presidente desconfiaba del cuerpo armado y además se trataba de dos caracteres fuertes, profundamente individualistas y personalistas. Difícilmente podrían gobernar conjuntamente. Pero en aquel momento, Remón estaba acorralado y tenía pocas opciones: o llamaba a Arias a ocupar la presidencia, o de lo contrario Chanis y un grupo de diputados lo llevarían al banquillo de los acusados.Remón le ofreció al nuevo Presidente la renuncia de los tres Comandantes de la Policía , pero Arias no las aceptó. Era evidente que en aquel momento uno dependía del otro para sostenerse en el poder , de manera que lo más prudente resultaba mantener el statu quo y tratar de limar asperezas. Desconocemos las razones de la decisión de Arias, pero sin duda debe haber sopesado seriamente las escasas posibilidades que tenía de permanecer en el cargo sin el respaldo de Remón.
Pero su mayor escollo provendría del exterior. En efecto, Estados Unidos se mostró reacio a reconocer al nuevo Presidente, pues el Departamento de Estado consideró que se había violado el orden constitucional. Después de varios meses de negociaciones, finalmente el 26 de marzo de 1950, Washington reconoció al nuevo Presidente panameño. Al parecer estas negociaciones comprometieron a Panamá en la firma de la Convención sobre Reclamaciones, por la cual Panamá tuvo que pagarle a los Estados Unidos más de $300.000 por demandas no satisfechas desde inicios de la República.
De este modo, durante su segundo período presidencial Arias se vio obligado a claudicar no solo ante la Policía, sino también frente a los Estados Unidos. Por ello, este mandato presentará pocas similitudes con el anterior, máxime cuando en esta oportunidad tampoco contaba con la mayoría de la Asamblea, merced a lo cual muchas de las leyes propuestas por el Ejecutivo no serían promulgadas.
Pese a su aparente sometimiento a la Policía, en realidad Arias limitó el poder del cuerpo con la creación de la Policía Secreta Nacional que dependía directamente del Ejecutivo. Al mismo tiempo, impidió que la Policía se rearmara y logró que se aprobaran leyes que restringían el poder de la Cooperativa Nacional en la matanza de ganado.
En el campo económico el gobierno obtuvo algunos logros, como la refundición de la deuda externa con la "Casa Lehman Brothers" de Nueva York, al tiempo que emitió bonos de conversión para saldar las deudas con particulares que fueron adquiridas por instituciones bancarias. Pero en realidad el comportamiento de la economía continuó siendo crítico. A ello se agregó que la brecha entre el Ejecutivo y el Legislativo se fue ahondando cada vez más.
Finalmente, el 7 de mayo de 1951, Arias declaró sin efecto la Constitución de 1946 y la reemplazó por la del 41. Al mismo tiempo, suspendió el habeas corpus, disolvió la Asamblea Nacional y declaró la interinidad de los representantes de la justicia. En realidad la situación se venía deteriorando desde el día 5 , cuando circularon rumores en la capital que la Caja de Ahorros se encontraba en quiebra, lo que provocó pánico entre los ahorristas, que retiraron su dinero. Las investigaciones llevadas adelante por el gobierno dieron como resultado que el ex Presidente Ricardo Adolfo de la Guardia, Gonzalo Tapia, Roberto Arias y Mario Augusto Rodríguez, eran los responsables de la situación. Es más, también fueron sindicados miembros del Frente Patriótico de la Juventud como Carlos Iván Zúñiga, César Quintero , Rogelio Sinán y otros.
El restablecimiento de la Constitución de 1941 decretado por el gobierno el día 7, desató la repulsa popular y para prevenir enfrentamientos , Arias declaró libre el día 8. Ello no evitó que una multitud se presentara al cuartel central de la Policía para exigir el respeto a la Carta de 1946. Remón , entonces aceptó actuar como mediador. Su misión tuvo escaso éxito, pues Arias no se mostró dispuesto a dar marcha atrás. El 9 se declaró un paro cívico nacional y se solicitó el enjuiciamiento del Presidente por extralimitación de funciones. Recién entonces, el gobierno reconsideró su posición y declaró sin efecto en todas sus partes el decreto del día 7.
Pero ya era tarde, pues la Asamblea Nacional se había constituído en Tribunal de Justicia y decretó la suspensión provisional de Arnulfo Arias como Presidente . De inmediato, se llamó al vicepresidente Alcibiades Arosemena para ocupar su lugar. Pero Arias no renunció, así que una vez más se presentó la anomalía de que coexistieran en el país dos Presidentes. El 10 de mayo, el Mayor Alfredo Lezcano y el teniente Juan Flores fueron comisionados para comunicarle a Arias la decisión del Legislativo. Una vez en la Presidencia ambos oficiales fueron muertos a balazos.
Después de un tiroteo que duró varias horas, al cabo de las cuales los arnulfistas tuvieron que entregarse, Arias fue llevado a la Cárcel Modelo.
El 16 comenzó el juicio contra el primer mandatario. Era la primera vez que un Presidente se sentaba en el banquillo de los acusados frente a una Asamblea transformada en tribunal de justicia. Sin embargo, no sería la última. Cuatro años después el Legislativo hizo otro tanto con el Presidente José Ramón Guizado a quien acusó del magnicidio de Remón. El 25, la Asamblea falló declarando a Arias culpable por extralimitación de funciones , lo destituyó de su cargo y lo inhabilitó perpetuamente para ejercer cargo público alguno.
Su sucesor Alcibiades Arosemena gobernó hasta octubre del año siguiente cuando ocupó la Presidencia Jose´Antonio Remón. Entretanto, Arosemena hizo frente a una grave crisis económica y a una situación de desasosiego social producto del desempleo que provocó huelgas y protestas . El Presidente definió este estado de cosas, en su magistral Mensaje de gobierno, como "La Nación en crisis".