na de las primeras medidas del nuevo gobierno fue permitir el artillamiento de la naves con bandera panameña. A ello se agregó que dos meses después se produjo el ataque japonés a Pearl Harbor, merced a lo cual Estados Unidos entró en guerra y Panamá hizo lo propio. De inmediato, se procedió a detener a los ciudadanos japoneses que fueron enviados a los Estados Unidos para ser internados en campos de concentración.Rápidamente, la economía, mostró signos de mejoría gracias a la llegada de miles de trabajadores contratados para las obras de ampliación del Canal, así como al aumento del personal militar. En mayo de 1942, se firmó el Convenio de Arrendamiento sobre Sitios de Defensa, conocido como Fábrega - Wilson, en el que el canciller Octavio Fábrega recogió varios de los planteamientos de su predecesor. Por el mismo, Panamá le permitía a los Estados Unidos el establecimiento de 134 bases militares en territorio nacional. A cambio de tan desmedidas concesiones la República recibía 300.000 dólares anuales en concepto de arrendamiento. Se estableció que las tierras revertirían a Panamá un año después que entrara en vigencia el Tratado de paz. Por su parte, Estados Unidos se comprometió a darle cumplimiento al Memorándum de los Doce Puntos, presentado por Arnulfo Arias el año anterior.
Lo cierto es que Panamá cumplió al pie de la letra con su parte del acuerdo, pero Washington regateó hasta último momento el cumplimiento del Memorándum.
Como es natural, el estado de guerra tornó aún más dependiente de los Estados Unidos a la economía nacional. Se calcula que 1/8 parte de la mano de obra productiva de todo el país laboraba por estos años en la Zona del Canal. Incluso, muchas escuelas se quedaron sin maestros y profesores por esta situación. El caudal de numerario superó las expectativas en las ciudades terminales pero, como sabemos, produjo una prosperidad más ficticia que real. Las especiales condiciones de la guerra provocaron una creciente emigración del campo a la ciudad, con el consiguiente abandono del medio rural. El Istmo que nunca se había caracterizado por ser un gran productor, produjo aún menos y ello se vino a sumar a las dificultades de las comunicaciones marítimas que contribuyeron al desabastecimiento del mercado local. El resultado fue una inflación galopante que provocó el aumento en el costo de la vida y que, desafortunadamente, no se normalizó con el fin de la guerra. Según estudios postoriores se calcula que algunos productos sufrieron, durante éstos años, un incremento del 300% sobre su precio.
Aunque la prosperidad del gobierno fue indiscutible durante estos años, al extremo que se calcula que el Tesoro ingresó más de 100 millones durante el periodo de guerra, esta suma no se empleó para generar riqueza permanente, sino que se utilizó, entre otras cosas, en la realización de obras públicas que requería el estado de guerra y que Panamá tuvo que acometer por exigencias de los Estados Unidos. Pese a que ambas naciones se transformaron en aliados, hubo discrepancias en el tratamiento de algunos temas. Panamá denunció la detención indiscriminada de ciudadanos panameños en territorio nacional por parte de efectivos militares de los Estados Unidos. También hubo desacuerdos respecto a la utilización de la pista de Albrook Field para fines comerciales. Pero por lo demás, el Presidente de la Guardia mostró una gran lealtad hacia los Estados Unidos.
Pero la guerra también trajo otros desajustes a lo interno del país. En enero de 1942, la Asamblea Nacional había decidido no elegir Designados, sobre todo, porque se temía que los partidarios de Arias accedieran al cargo y llamaran a su líder a ocupar nuevamente la presidencia. Sin embargo, un grupo no estuvo de acuerdo y abogó por la elección de Designados. Este mismo grupo comenzó a acusar a de la Guardia de malos manejos de fondos, peculado, corrupción , así como intentar perpetuarse en el poder. Desde las páginas de El Panamá-América se sindicó al Presidente de nepotismo.
Otro problema sobre el tapete fue la reforma de la Constitución de 1941, para lo cual había que convocar una Constituyente. Dentro de este clima, la Federación de Estudiantes de Panamá y el Frente Patriótico de la Juventud hicieron gala de una enérgica militancia. Todo ello, contribuyó a que el Presidente finalmente accediera a convocar una Asamblea Nacional Constituyente para reformar la Constitución promulgada por Arias. A finales de 1944, se disolvió la Asamblea Nacional y se convocó a la Asamblea Constituyente para el mes de mayo del año siguiente. Pero tampoco ello satisfizo a todos los sectores, al extremo que se hizo un llamado a la huelga general para el 30 de diciembre, pues se consideró que se trataba de una medida dictatorial por parte del Presidente, para evitar la elección de Designados como aspiraba la Asamblea Nacional.
Como quiera que fuere, un grupo de diputados continuó adelante con sus planes. En enero de 1945, 15 diputados se reunieron en Chivo Chivo y eligieron Designados a Jeptha B. Duncan, Miguel A. Grimaldo y Alcibiades Arosemena. Al mes siguiente, Duncan tomó posesión como primer Designado encargado del Poder Ejecutivo nombró su gabinete. Pero la iniciativa no prosperó y Duncan tuvo que buscar refugio en la Zona del Canal. Finalmente, el 6 de mayo se realizaron las elecciones para constituyentes.