Tras entregarse por fin al Ejército estadounidense, el depuesto comandante de las Fuerzas de Defensa, Manuel Antonio Noriega, fue trasladado a Florida el 4 de enero de 1990. En 1992, fue juzgado y condenado a 40 años de prisión (luego bajados a 17 años) al ser hallado culpable de ocho cargos que incluían lavado de dinero y tráfico de drogas. Noriega se convirtió en el prisionero número 38699-079 del sistema penal de EE.UU., ingresado en el 'Metropolitan Correctional Center' de Miami.
Fue declarado prisionero de guerra en la década por el juez William Hoeveler.
La justicia francesa lo condenó a diez años de prisión por lavar 3.15 millones de dólares del narcotráfico para abrir cuentas bancarias y comprar apartamentos en Francia.
En tanto, la justicia panameña le abrió más de 20 procesos diferentes por homicidio, encubrimiento, peculado y corrupción de servidores públicos, delitos contra la libertad individual, contra la personalidad interna e internacional del Estado, extorsión y usurpación de funciones. Ha sido condenado cinco veces.
Estando en la cárcel, Noriega abrazó la religión evangélica, y se declaró "nacido de nuevo en Cristo". En diciembre de 2004, estuvo brevemente hospitalizado tras un cuadro de presión sanguínea irregular.
En 2007, se declaró terminada su condena por buena conducta, y el 17 de septiembre la concluyó; pero no fue liberado. La justicia estadounidense declaró que Noriega podía ser extraditado a Francia, pero sus abogados apelaron ante la Suprema Corte de EE.UU. La defensa argumenta que Noriega -hoy de 74 años- es un prisionero de guerra y, según la Convención de Ginebra, Estados Unidos tiene que enviarle a Panamá al concluir su sentencia.
Noriega fue condenado varias veces más en Panamá y Francia.
